Las Resoluciones 7 y 12 de 2012 afirman la competencia de la Junta Arbitral del Concierto Económico para resolver conflictos entre los Territorios Históricos del País Vasco y la Hacienda de la Comunidad Foral de Navarra, además de valorar los elementos de hecho determinantes para ubicar la sede de dirección efectiva y el lugar en el que se desarrolla la gestión administrativa y dirección de los negocios, procediendo a una valoración conjunta de la prueba aportada. Idéntica valoración conjunta se realiza en la Resolución 11/2012 tras analizar el plazo para la interposición del conflicto en los casos de traslados de domicilio, negando la aplicación del previsto para los conflictos positivos.
La Resolución 8/2012 fija doctrina en relación con la participación de una Administración en el procedimiento de comprobación del valor normal de mercado en operaciones entre entidades vinculadas sometidas a la competencia de diferente administración, afirmándola apelando a los principios generales de coordinación y colaboración contenidos en el Concierto Económico.
La Resolución 9/2012 analiza el dies a quo para computar el plazo para la interposición de un conflicto positivo planteado con anterioridad a la efectiva constitución de la Junta Arbitral remitiéndolo a la fecha de dicha constitución.
